En su programa de acción pastoral mencionada en su Carta Pastoral en su primer día de obispo de Huaraz, el Mons. Francisco Ezequiel Soto ya manifiesta su deseo de la fundación de un Seminario. Sentía la necesidad de un clero bien instruido y virtuoso capaz de trabajar en la obra que Dios le había encomendado y que contaba apenas con cincuenta sacerdotes para las 500.000 almas.

La primera cosa que hizo como nuevo obispo de la recen formada Diócesis, fue poner la primera piedra del Seminario de Huaraz. Convocó al prefecto y autoridades para bendecir la primera piedra del futuro Seminario.

Los Padres de los Sagrados Corazones abrieron las puertas del seminario de Huaraz en 1902. Sacerdotes de Lima, Chile y Francia vinieron para ayudar, más o menos 19 religiosos vinieron ayudar en la obra, trayendo lo mejor de su ciencia y pusieron a servicio de los futuros sacerdotes de Ancash.

Mons. Francisco Soto buscaba con su Seminario una formación con gran exigencia intelectual y un marco estricto de piedad.

El Obispo estuvo en la inauguración del Seminario, pero luego después de su muerte, fue rector del Seminario, Vicario General de la diócesis el Padre de los Sagrados Corazones Domingo La Torre, gran amigo del Mons. Soto.

La dirección pasó después al clero diocesano

El Seminario también sufrió varios daños materiales y personales con el terremoto de 1970, pero fue reabierto en 1980.

Mons. José Ramón Gurruchaga Ezama instauró el Día del Seminario en el día de la Fiesta de Cristo Rey, con la finalidad de sensibilizar al clero y pueblo fiel para que brinde su apoyo moral, espiritual y económico.